Sejak awal pandemi, pengujian diagnostik telah memainkan peran penting dalam mengendalikan penyebaran SARS-CoV-2, virus penyebab penyakit.COVID 19.Tes antigen cepatdilakukan di rumah atau di lingkungan klinis memberikan hasil dalam 15 menit atau kurang.Semakin dini seseorang didiagnosis, semakin cepat pula mereka dapat mencari pertolongan medis dan mengisolasi diri dari orang lain.Namun ketika varian virus baru muncul, varian tersebut mungkin tidak terdeteksi oleh tes ini.
Kebanyakan tes antigen cepat dirancang untuk mendeteksi protein nukleokapsid atau N-protein SARS-CoV-2.Protein ini banyak ditemukan pada partikel virus dan orang yang terinfeksi.Alat tes cepatBiasanya mengandung dua antibodi diagnostik berbeda yang berikatan dengan bagian berbeda dari protein N.Ketika antibodi berikatan dengan protein N dalam sampel, garis berwarna atau sinyal lain muncul pada alat tes, yang menunjukkan adanya infeksi.
Protein N terdiri dari 419 unit struktural asam amino.Salah satu dari mereka dapat digantikan oleh asam amino lain melalui mutasi.Kelompok penelitian yang dipimpin oleh Ph.D.Philip Frank dan Eric Ortlund dari Emory University mulai menyelidiki bagaimana perubahan asam amino tunggal ini mempengaruhi kinerja tes antigen cepat.Mereka menggunakan teknik yang disebut pemindaian mutasi mendalam untuk secara bersamaan menilai bagaimana setiap mutasi pada protein N virus memengaruhi pengikatan pada antibodi diagnostik.Hasilnya dipublikasikan di Cell pada 15 September 2022.
Para peneliti menciptakan perpustakaan komprehensif yang berisi hampir 8.000 mutasi protein N.Varian-varian ini menyumbang lebih dari 99,5% dari semua kemungkinan mutasi.Mereka kemudian mengevaluasi bagaimana setiap varian berinteraksi dengan 17 antibodi diagnostik berbeda yang digunakan dalam 11 tes antigen cepat yang tersedia secara komersial, termasuk tes antigen umum.perlengkapan rumah.
Tim menilai mutasi N-protein mana yang mempengaruhi pengenalan antibodi.Berdasarkan informasi ini, mereka membuat “profil mutasi yang lolos” untuk setiap antibodi diagnostik.Profil ini mengidentifikasi mutasi spesifik pada protein N yang dapat mempengaruhi kemampuan antibodi untuk berikatan dengan targetnya.Analisis menunjukkan bahwa antibodi yang digunakan dalam tes cepat saat ini mengenali dan mengikat semua varian SARS-CoV-2 di masa lalu dan masa kini yang menjadi perhatian dan kekhawatiran.
Meskipun beberapa antibodi diagnostik mengenali wilayah yang sama pada protein N, para peneliti menemukan bahwa setiap antibodi memiliki tanda unik dari mutasi yang lolos.Ketika virus SARS-CoV-2 terus bermutasi dan menghasilkan varian baru, data ini dapat digunakan untuk menandai antibodi alat tes yang mungkin perlu dinilai ulang.
“Identifikasi individu yang terinfeksi secara akurat dan efisien tetap menjadi strategi penting dalam mitigasi COVID-19, dan penelitian kami memberikan informasi tentang mutasi SARS-CoV-2 di masa depan yang dapat mengganggu deteksi,” kata Ortlund.“Hasil yang diuraikan di sini memungkinkan kita beradaptasi dengan cepat terhadap virus ini ketika varian baru terus bermunculan, sehingga menimbulkan implikasi klinis dan kesehatan masyarakat secara langsung.”
Latar Belakang: Mutation Deep Scan mendeteksi mutasi yang lepas pada nukleokapsid SARS-CoV-2 menggunakan tes antigen cepat yang tersedia saat ini.Frank F., Kin MM, Rao A., Bassit L., Liu H, Bowers HB, Patel AB, Kato ML, Sullivan JA, Greenleaf M., Piantadosi A., Lam VA, Hudson VH, sel Ortlund EA.2022 15 September;185(19):3603-3616.e13.Kementerian Dalam Negeri: 10.1016/j.cell.2022.08.010.29 Agustus 2022 PMID: 36084631.
Pendanaan: Institut Nasional Pencitraan Biomedis dan Bioteknologi NIH (NIBIB), Institut Nasional Diabetes, Penyakit Pencernaan dan Ginjal (NIDDK) dan Institut Nasional Alergi dan Penyakit Menular (NIAID), American Heart Association.
NIH Research Matters adalah pembaruan mingguan dari temuan-temuan utama penelitian NIH yang ditinjau oleh para ahli NIH.Hal ini diterbitkan oleh Kantor Komunikasi dan Hubungan Masyarakat Direktur Institut Kesehatan Nasional.